Türk Medeni Kanunu m. 40 hükmü uyarınca, cinsiyetini değiştirmek isteyen trans bireyin bunun için Mahkeme'den dava ikame etmek suretiyle izin alması gerekecektir. Yasada aranan koşulların bulunması halinde, yapılacak yargılama neticesinde Mahkemece cinsiyet değişikliği ameliyatı olunması için izin verilmektedir.

Cinsiyet değiştirme ameliyatı, transeksüel yapıdaki bireylerin, gördükleri hormon tedavisinin sonucunda, kadından erkeğe ya da erkekten kadına geçişi için yapılan tıbbi-cerrahi operasyondur. Cinsiyet değiştirme ameliyatı olunabilmesi için, Türk Medeni Kanunu m. 40 uyarınca Mahkeme izni zaruridir. Ancak yasada cinsiyet değişikliği için gerekli koşulları bulunan kişilere yapılacak yargılama neticesinde cinsiyet değiştirme izni verilebilmektedir. Yasal zorunluluk gereğince Mahkemece cinsiyet değişikliğine izin kararı verilmeden, cinsiyet değiştirme ameliyatı yapılamaz. Cinsiyet değişikliği şahsa sıkı sıkıya bağlı bir hak olup, ameliyat Mahkeme izni zorunlu kılınmıştır.

Cinsiyet değişikliğine izin verilebilmesi için, cinsiyet ameliyatı olmak isteyen talep sahibinin onsekiz yaşını doldurmuş bulunması ve evli olmaması, transseksüel yapıda olması, cinsiyet değişikliğinin ruh sağlığı açısından zorunlu olması ve bu durumun bir eğitim ve araştırma hastanesinden alınacak resmi sağlık kurulu raporuyla belgelemesi zaruridir. Bu yolla cinsiyet değişikliği sadece biyolojik açıdan değil, ruhsal açıdan da zorunlu olma koşuluna bağlanmıştır. Bu koşulların gerçekleşip gerçekleşmediğinin gelişigüzel doktor raporlarına bağlanmaması için de uzmanlardan oluşan bir resmî sağlık kurulu raporu alınması öngörülmüştür.

Cinsiyet değiştirme ameliyatı olunabilmesi için, cinsiyet değişikliğine izin davasının açılması gerekmektedir. Mahkemece, davacı tam teşekküllü bir eğitim ve araştırma hastanesine sevk edilir. Hastaneden kişinin transseksüel yapıda olduğu, cinsiyet değişikliğinin ruh sağlığı açısından zorunlu olduğunu belgeleyen resmi sağlık kurulu raporu alınması durumunda, diğer yasal koşulların da yerine gelmesi halinde cinsiyet değişikliğine izin kararı verilir. Bu kararın kesinleşmesi akabinde, kesinleşme şerhli kararla birlikte, kişi cinsiyet değiştirme ameliyatını kendi seçeceği bir hastanede olabilir.

Cinsiyet değişikliğine izin davasında, görevli ve yetkili mahkeme, son Yargıtay ve Bölge Adliye Mahkemesi kararıları ışığında kişinin ikamet ettiği mahallin Asliye Hukuk Mahkemesidir. Cinsiyet değişikliğine izin davası da niteliği itibariyle bir nüfus davası olup, 5490 sayılı Nüfus Hizmetleri Kanununun 36. maddesinin 1/a bendinde, nüfus kayıtlarına ilişkin düzeltme davalarının düzeltmeyi isteyen şahısların yerleşim yeri adresinin bulunduğu yerdeki görevli Asliye Hukuk Mahkemesinde açılacağı hükme bağlanmıştır. Yargıtay Hukuk Genel Kurulunun 25/12/2013 gün ve 2013/18-464 E. - 2013/1698 K. sayılı ilamına da atıf yapan Yargıtay 20. Hukuk Dairesi’nin 2016/6168 E. 2016/77863 K. sayılı 19/09/2016 tarihli kararı ile İstanbul Bölge Adliye Mahkemesi 1. Hukuk Dairesi’nin 2016/13 E. 2016/24 K. sayılı 07/12/2016 tarihli ilamı da cinsiyet değişikliğine izin davasında görevli ve yetkili mahkemenin, cinsiyet değişikliği talep eden kişinin ikamet ettiği yerdeki Asliye Hukuk Mahkemesi olduğu yönündedir.

Türk Medeni Kanunu m. 40 hükmünde yer alan "...ve üreme yeteneğinden sürekli biçimde yoksun bulunduğunu..." ibaresi, Anayasa Mahkemesi'nin 20/03/2018 tarih ve 30366 sayılı Resmi Gazete’de neşredilen, 29/11/2017 tarihli, 2017/130 E. ve 2017/165 K. sayılı kararı ile iptal edilmiştir. Daha önceleri, cinsiyet değişikliğine izin öncesinde üreme yeteneğinden sürekli yoksun kalınması için kısırlaştırma ameliyatı olunup, Mahkemece izin verildiğinde cinsiyet değiştirme ameliyatı olunmaktaydı. Oysa ki, üreme yeteneği bulunan transseksüel bireyin, tıbbi yöntemlere uygun şekilde cinsiyet değiştirme ameliyatı olması halinde, bu ameliyatın doğal sonucu olarak üreme yeteneğinden sürekli şekilde yoksun kalınacaktır. Dolayısıyla son düzenleme temelinde, üreme yeteneğinden sürekli yoksun kalınması şartı kalktığı için süreç sonunda sadece cinsiyet değiştirme ameliyatı olunmaktadır.

Cinsiyet değişikliğinin tıbbi ve hukuki süreci iç içe ilerlemektedir. Cinsiyet değiştirme süreci ne kadar sürer sorusuna verilecek yanıt, her kişi ve dava için farklı olabilmektedir. Cinsiyet değiştirme davası, Türk Medeni Kanunu madde 40 hükmü çerçevesinde iki safhalı bir davadır. Bunlardan ilki cinsiyet değişikliğine izin davası olup, ikincisi de izin alınması ve gerekli tıbbi operasyonun olması akabinde açılan nüfusta isim ve cinsiyet değiştirme davasıdır. Cinsiyet değişikliğine izin davasında, Mahkeme davacıyı hastaneye sevk etmektedir. Bu süreç, hastane tarafından hormon desteğini de içerdiğinden, konuyla ilgili SGK genelgesi uyarınca 1 yıldan az sürmemektedir. Bu sürecin sonu, gerekli raporun alınıp mahkemeye ibrazı akabinde, mahkemece izin kararı verilmesi ile son bulmaktadır. Bu kararın kesinleşmesi akabinde gerekli ameliyat süreci tamamlanınca, ikinci safha dava olan nüfusta isim ve cinsiyet değişikliği davası açılmaktadır. Süreç her birey için değişmekle birlikte, genellikle ortalama bir ila iki yıl arasında tamamlanmaktadır. Ancak kişinin dava sürecinden önce hormon desteği almış olduğu ve hastane kaydı olduğu hallerde ilk davada belirtilen 1 yıllık hastane süreci daha kısa sürebilmektedir. Tüm bu süreçlerde profesyonel hukuki hizmet alınmasında dava açacak trans bireylerin hukuki yararı mevcuttur.

Cinsiyet Değiştirme Davası, niteliği itibariyle iki safhalı olarak görülen bir nüfus davasıdır. Cinsiyet değiştirme davası kime karşı açılabilir sorusuna verilecek yanıt, Nüfus davasının bir türü olması dolayısıyla kişinin ikamet ettiği yerin Nüfus Müdürlüğü’ne karşı açılır. Çünkü bu dava sonucunda genellikle nüfusta isim ve cinsiyet hanelerinde değişiklik yapılmaktadır. Haliyle, açılacak olan davada, davalı taraf Nüfus Müdürlüğü olarak gösterilmelidir. Nüfus Müdürlüğü’nün davada dilekçe sunma, talepte bulunma, davaya katılma, nihayetinde karara karşı istinaf yoluna başvurma hakları bulunmaktadır ancak genellikle TMK m. 40 hükmü uyarınca yasanın öngördüğü çizgide bir süreç izlendiğinde sürece görece daha pasif olarak katıldıkları da gözlemlenmektedir.