Cinsiyet Değiştirme Davası, niteliği itibariyle iki safhalı olarak görülen bir nüfus davasıdır. Cinsiyet değiştirme davası kime karşı açılabilir sorusuna verilecek yanıt, Nüfus davasının bir türü olması dolayısıyla kişinin ikamet ettiği yerin Nüfus Müdürlüğü’ne karşı açılır. Çünkü bu dava sonucunda genellikle nüfusta isim ve cinsiyet hanelerinde değişiklik yapılmaktadır. Haliyle, açılacak olan davada, davalı taraf Nüfus Müdürlüğü olarak gösterilmelidir. Nüfus Müdürlüğü’nün davada dilekçe sunma, talepte bulunma, davaya katılma, nihayetinde karara karşı istinaf yoluna başvurma hakları bulunmaktadır ancak genellikle TMK m. 40 hükmü uyarınca yasanın öngördüğü çizgide bir süreç izlendiğinde sürece görece daha pasif olarak katıldıkları da gözlemlenmektedir.